全球网赌十大平台使得该平台能够有效地在全球范围进行数据资源的集成,逐步发展为全球微生物资源领域最重要的数据平台

2019年5月9日,国家科技基础条件平台中心赴中科院微生物所就科学数据工作开展调研,平台中心苏靖主任、王瑞丹副主任、中科院办公厅王树志副主任、微生物所刘双江所长等共同参加调研。

中科院微生物研究所微生物资源与大数据中心、世界微生物数据中心团队的研究论文,近日在线发表于《核酸研究》,该论文题为World
Data Centre for Microorganisms: an information infrastructure to explore
and utilize preserved microbial strains
worldwide。微生物资源与大数据中心、WDCM主任马俊才为本文通讯作者。

“目前,国家微生物科学数据中心数据资源总量已超过 300TB,数据记录数超过了
40 亿条。”
世界微生物数据中心主任、国家微生物科学数据中心主任马俊才在接受科技日报记者采访时介绍说,中心的数据内容完整覆盖微生物资源、微生物及交叉技术方法、研究过程及工程、微生物组学、微生物技术,以及微生物文献、专利、专家、成果等微生物研究的全生命周期。

微生物所长期开展全球微生物数据收集管理工作,是世界微生物数据中心(WDCM)主持单位,WDCM隶属于世界微生物菌种保藏联合会(WFCC)和联合国教科文组织下的全球微生物资源中心网络,目前已接收来自47个国家的126个保藏机构提交的数据,成为全球微生物领域最重要的实物资源数据中心。调研中,微生物所有关负责同志重点围绕世界微生物数据中心(WDCM)的发展历程与进展成效,以及我国微生物数据管理与服务等方面开展的工作进行了汇报。与会同志们就加快落实《科学数据管理办法》相关要求,规范微生物领域科学数据管理,提升微生物科学数据对科技创新和经济社会发展的支撑保障能力等方面进行了深入研讨。

微生物作为最简单的生命体,是生命科学研究不可替代的基本材料。微生物数据是微生物资源共享和开发的关键环节,数据资源的丰富性、准确性和共享水平决定着整个微生物学领域研究和应用的综合能力。WDCM隶属于国际生命科学联盟下属的世界微生物菌种保藏联合会和联合国教科文组织下属的国际微生物资源中心,由世界菌种保藏联盟在上世纪60年代建立,是全球微生物领域最重要的实物资源数据平台,也是我国生命科学领域唯一的一个世界数据中心。

今年 6
月份,科技部、财政部联合发布国家科技资源共享服务平台优化调整名单,国家微生物科学数据中心成为
20
个首批启动的国家级科学数据中心之一。目前,中心已建立完善的数据质量控制体系和多级数据质量标引体系,正在牵头申请并开发微生物数据领域第一个国际
ISO
标准,并在此基础上,开发了拥有自主知识产权的数据管理平台,已在国内外上百家单位使用。

微生物是生物技术创新和生物经济发展必不可少的战略资源,微生物数据资源的丰富性、准确性和共享水平决定着整个生物学领域研究和应用的综合能力,现代测序技术飞速发展已将生命科学领域带入大数据时代,我国微生物领域科学数据管理要在现有基础上加速完善。《科学数据管理办法》为我国科学数据发展提出了明确的要求,也带来了新的发展机遇,必须凝聚共识,建立长效合作机制,共同推动加强和规范科学数据管理。要根据微生物资源特点,进一步规范科学数据全生命周期管理,提高数据分析挖掘与开发利用水平,推动数据资源共享与实物资源共享有机结合,提升数据共享服务能力,扩大微生物数据中心品牌影响力。

在本研究中,团队以WDCM为平台倡导全球微生物菌种保藏目录重大微生物数据资源国际合作计划,在为分散于全球各个保藏中心和科学家手中宝贵的微生物资源提供一个全球统一的数据仓库,并以统一数据门户的形式,对全世界科技界和产业界提供微生物菌种资源的信息服务。目前已经有来自美国、法国、德国、荷兰等43个国家和地区的107个国际微生物资源保藏机构正式参加这一计划。

建立国家平台,推动数据共享

在大数据整合技术研究方面,团队开发了生物资源引用平台系统,利用先进的数据挖掘手段,从全球超过600
万已发表的微生物文献、专利、核酸序列和基因组中,进一步提取了微生物资源的后续研究和利用的信息,并开发了参考菌株目录,作为一个跨平台参考目录,整合
ISO以及其他国际标准菌种统一编号,推动了全球菌种资源的高标准应用。该数据平台对于微生物实物资源从采集、保藏、跨国转移、学术和商业应用以及利益分
享的各个环节都能提供有效的数据支持,为《名古屋议定书》在微生物领域的实施和执行提供最重要的支撑。平台及其相关的指导原则,是国际上第一次形成一套完
善的可运行的信息平台方案。WDCM在CBD/NP实施方面的相关工作,也符合我国参与CBD工作的主要方向。

2010
年,经过全球激烈竞争,世界微生物数据中心最终落户中科院微生物研究所。9
年来,全球共有 77 个国家的 787
个微生物资源保藏中心在世界微生物数据中心注册,中心还接收全球 48 个国家的
127
个保藏机构的数据汇交和全球共享,逐步发展为全球微生物资源领域最重要的数据平台。

微生物大数据平台目前已经处于稳定的运行和服务阶段,在数据集成和服务机制上,也进行了积极的探索,使得该平台能够有效地在全球范围进行数据资源的集成,并实现可持续发展。同时,WDCM作为一个合作平台,使我国科学家能够在全球的角度,组织和协调各国的相关力量,建立全球性的合作框架,也让中国有机会逐步在微生物资源的开发应用和数据共享方面占领国际微生物研究前沿和主导地位。截至目前,平台的累计访问次数已超过20万次。

“微生物资源是国家的重要战略资源,微生物数据资源则是微生物资源共享和开发的关键环节,数据资源的丰富性、准确性和共享水平,决定着微生物学领域研究和应用的综合能力。”
马俊才表示,国家微生物科学数据中心的成立是为了进一步落实《科学数据管理办法》,推动我国微生物领域的科学数据共享与应用。

本研究得到国家863计划《微生物数字化信息系统集成关键技术研发》、中国科学院信息化专项微生物领域云、中国科学院科技促进发展局《世界微生物数据中心建设》等项目的支持。

据了解,国家微生物科学数据中心依托中科院微生物研究所,与中国疾控中心传染病所、中科院海洋所、中科院上海植物生理生态研究所、中科院计算机网络信息中心等单位共建。作为国家科技资源共享服务平台,中心数据资源全部免费共享,并统一规范微生物数据的生产、存储、处理等过程。

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“按照科技部、财政部的要求,中心将推进微生物领域科技资源向国家平台汇聚、整合,提升微生物资源有效利用和科技创新支撑能力,为科学研究、技术进步和社会发展提供高质量的科技资源共享服务。”
马俊才说。

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打造一流中心,占领研究前沿

“我们建设和维护了与微生物资源相关的一系列重要数据库,包括全球微生物保藏机构数据库、全球微生物菌种资源目录、全球微生物参考菌株数据库、微生物资源引用数据库等。”
马俊才举例说,这使我国科学家能以全球视野组织、协调各国相关力量,建立全球性的合作框架。同时,也推动着中国逐步在微生物资源的开发应用和数据共享方面占领国际微生物研究前沿和主导地位。

不仅如此,国家微生物科学数据中心还启动了全球万种微生物模式菌株测序计划,目前已有
16 个国家的 25 个微生物保藏机构参与这一国际合作计划,并提供了 DNA
或者菌株资源,这使全球数据资源的共享真正发展成了国际微生物实物资源的合作;同时,中心建立的真菌
DNA
条形码数据库在宁波等多个口岸应用,有效支持了有害物种的快速鉴定,保护国门生物安全……

“当前,中心利用积累的全球微生物数据,与国际生物多样性公约信息交换所合作,向国际生物多样性公约提出全球微生物领域微生物资源转移信息平台建设方案,为全球各国履行生物多样性公约和名古屋议定书提供重要支持。”
马俊才透露,将来,中心将致力于建立共建、共用、互惠、互利的可持续发展机制和数据生态体系,以数据技术创新推动学科前沿发展和产业应用创新,在国际竞争中占领先机。

“我们的目标是,建设全球微生物品牌数据库,打造一流的科研支撑中心、一流的信息服务中心、一流的数据研究中心。”
马俊才表示。

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